黒い（あるいは灰色の）斑点は、小麦のふすま＝外皮の部分の色素です。

現在の製粉技術でも外皮を完全に除去することは難しく、この色素が時間経過とともに黒い斑点となって表れてきます。

小麦由来の天然のものですので、食べても問題はありません。

ギョウザの皮の他、生ラーメンにも同じことがあります。