黒い(あるいは灰色の)斑点は、小麦のふすま=外皮の部分の色素です。 現在の製粉技術でも外皮を完全に除去することは難しく、この色素が時間経過とともに黒い斑点となって表れてきます。 小麦由来の天然のものですので、食べても問題はありません。 生ラーメンの他、ギョウザの皮にも同じことがあります。